薬剤耐性獲得の機序
HIV-1が薬剤耐性を獲得しやすい理由は2つ考えられている。
図5 なぜHIV-1は薬剤耐性を獲得しやすいのか？
1．極めて活発なウイルスの新生
HIV-1感染症は、感染成立からAIDS発症まで多くの場合、数年間ほとんど症状が無い期間（無症状期）があり、一見緩慢な疾患の様にみえる。しかしながら、実は感染者生体内においては1日に10億～100億個にも及ぶHIV-1粒子が絶えず新生される、活動的なウイルス疾患である。
2．低い逆転写の精度
HIV-1の逆転写酵素は、逆転写の精度が低いことが知られている。RNAからDNAへの逆転写過程で変異を起こす頻度は、30万塩基対に対して1回と推定されている。
前述の活発なウイルス増殖とあわせて考えると、少なくとも1ヶ所の変異を持ったウイルスが1日に30万個生み出される計算になる。Coffin JM, 1995
このようにHIV-1は、もともと変異を獲得しやすい特性を持つ。従って、不十分な治療は容易に薬剤耐性ウイルスの選択と増殖を許すこととなる。
そして薬剤存在下に、HIV-1の複製が繰り返されることにより、時間とともに薬剤耐性変異がウイルスに集積し、薬剤耐性レベルが上昇していく。